Emma, hayvan ebeveynleri tarafından büyütülen minyatür bir insan kızıdır. Kendini farklı hisseden Emma, insan kökenlerini ve ait olduğu yeri bulma arzusuyla bir yolculuğa çıkar. Bu yolculuk sırasında, Newton adında zeki bir kaplumbağa mucit ve Edward Wolff adında, Emma'nın insan olduğuna inanan bir bilim insanıyla tanışır. Birlikte, minik insanların yaşadığı gizli bir adayı keşfederler. Ancak, bu adada Emma'nın beklediği masal dünyası değil, karanlık sırlar ve tehlikelerle dolu bir gerçeklik vardır. Emma, geçmişine dair sırları ortaya çıkarmak için tüm bildiği dünyayı riske atıp atamayacağını sorgular.