Punisher: War Zone, Frank Castle'ın (Ray Stevenson) trajik geçmişini ve intikam yolculuğunu konu alır. Frank Castle, ailesinin ölümünden sonra suçla mücadele etmeye ve adaleti kendi yöntemleriyle sağlamaya karar verir. Onun "Punisher" olarak tanınan kişiliği, suçluları öldürerek onlara adalet getirmeyi amaçlayan bir anti-kahramandır.
Film, Frank Castle'ın bir suç çetesinin lideri olan Billy Russoti (Dominic West) ile karşılaşmasını ve Russoti'nin vahşi bir şekilde Punisher tarafından deforme edilmesini izler. Bu olay, Russoti'yi intikam almak için daha da karanlık bir hale getirir ve Jigsaw adı altında Punisher'a karşı bir savaş başlatır.
Jigsaw, yeni yüzüyle ve yenilenmiş öfkesiyle, Punisher'a karşı büyük bir tehdit oluşturur. Ancak, Punisher’ın amacı yalnızca suçluları ortadan kaldırmak değil, aynı zamanda kendi içsel acısıyla yüzleşmek ve ailesinin kaybından sonra kalan boşluğu doldurmaya çalışmaktır. Frank Castle, Jigsaw ve onun çetesiyle verdiği savaşta, acımasız düşmanlarıyla daha büyük bir savaşın içine sürüklenecektir.