Plankton, yıllardır SüngerBob’un en büyük rakibi olarak, Çalışanlar’ın formülünü çalmanın peşindedir. Ancak, bu kez Plankton’un planları daha büyük ve daha karmaşıktır. Kendisi ve minik dostu Karen, bir grup kayıp deniz canlısı ve eski denizci efsanelerinden ilham alarak, büyük bir keşif yapmaya karar verirler. Amacı, denizaltındaki yasaklı bir bölgeye gidip, tüm deniz dünyasında kontrolü ele geçirecek bir güç kaynağını bulmaktır. Fakat bu yolculuk, beklenmedik tehlikelerle doludur ve Plankton, bir kez daha SüngerBob ve arkadaşlarıyla karşı karşıya gelir.

Film, Plankton’un kötü niyetlerinin yanı sıra, içinde taşıdığı yalnızlık ve küçük bir varlık olmanın zorluklarıyla da yüzleşmesini izlerken, seyircilerine dostluk, azim ve umut üzerine derin mesajlar verir. SüngerBob, Patrick, ve diğer Bikini Bottom sakinleri, Plankton'un macerasına karışarak, birlikte büyük bir mücadele verirler ve Plankton'un hayalini kurduğu gücün aslında sahip olduğu dostluklar olduğunu keşfederler.