Teenage Mutant Ninja Turtles: Mutant Mayhem, Leonardo, Donatello, Michelangelo ve Raphael adlı dört mutant kaplumbağanın, New York'taki kanalizasyonlarda büyümeleriyle başlar. Genç yaşta olmalarına rağmen, usta dövüşçüler olan bu kaplumbağalar, bir yandan eğitim alırken, diğer yandan dış dünyadan saklanarak, sıradan insanlardan uzak bir yaşam sürmektedirler.

Ancak, bir gün April O'Neil adında bir gazeteciyle tanışırlar ve ona arkadaşlık etmeye başlarlar. April, kaplumbağaların kimliklerini öğrenir ve onları toplumdan saklanmak yerine, normal bir hayat yaşamaya ikna eder. Onlara, dış dünyada bir yerleri olduğunu ve kendi kimliklerini bulmalarını sağlayabileceğini söyler.

Bununla birlikte, mutant kaplumbağalar, kendi kimliklerini bulmaya çalışırken, şehri tehdit eden yeni bir mutant tehdidiyle karşılaşırlar. Bu tehdit, Superfly adlı kötü niyetli bir mutant lideri tarafından yönetilmektedir. Superfly, tüm mutantları bir araya getirip, insanlara karşı büyük bir saldırı başlatmayı planlamaktadır.

Kaplumbağalar, New York'un geleceğini kurtarmak için, sadece kahramanlık yapmakla kalmayacak, aynı zamanda kendi içlerindeki dostluk bağlarını da test edecek ve birbirlerine olan güvenlerini güçlendireceklerdir. Zorlu bir mücadelenin ardından, hem mutant tehditlerine karşı zafer kazanacaklar hem de kendi kimliklerini kabullenerek, gerçek kahramanlar olduklarını keşfedeceklerdir.