Film, Moana'nın adasında barışın sağlanmasının ardından, okyanusla olan bağının daha da derinleştiği bir dönemde başlar. Adası, yeniden büyüme aşamasındadır ve Moana, lider olarak halkına en iyi şekilde hizmet etmeye çalışmaktadır. Ancak, bir gün okyanus, Moana'ya yeni bir görev verir: Okyanusun derinliklerinde kaybolan eski bir hazineyi bulmak ve adaya geri getirmek. Bu hazine, adaların birbirine bağlılığını sağlayan ve halklarının geleceğini güvence altına alan bir kaynaktır.
Moana, eski dostu Maui ve yeni arkadaşlarla birlikte, tehlikeli su altı dünyalarına yolculuk yapar. Bu sefer karşılaştıkları tehditler daha büyük ve gizemlidir. Yolculukları sırasında eski efsanelerle, kayıp halklarla ve okyanusun karanlık sırlarıyla yüzleşirler. Moana, hem liderlik hem de cesaretini test eden zorlu bir sınavla karşı karşıyadır.