The First Reformed, Kuzey New York'ta küçük bir cemaatin papazı olan Toller'in hikayesini anlatır. Oğlunun ölümünden sonra derin bir bunalım yaşayan Toller, Mary adında, kocası intihar eden bir kadınla arkadaşlık kurar. Toller, kilisenin işlerini incelemeye başladıkça, etik olmayan işlere ve suç ortaklıklarına şahit olur. Bu süreçte hem kişisel bir inanç krizi ile yüzleşir hem de kilisenin karanlık sırlarını açığa çıkarmaya çalışır.